L'analyse NGS libre et open source
Interface simple et moderne Un grand soin a été apporté pour que l'application soit simple et agréable à utiliser par tous les utilisateurs.
Filtrage dynamique des variants Utilisez des filtres prédéfinis ou élaborez vos propres filtres pour des cas plus complexes.
Pipelines bioinformatiques En quelques clics, appliquez sur vos données des traitements automatisés et personnalisés, qu'il s'agisse des vôtres ou de ceux proposés par la communauté.
Phénotypes et maladies - OMIM, HPO, Orphanet, DECIPHER) Stockez les données des patients dans une fiche patient : informations administratives, phénotype, historique des analyses réalisées, résultats, liens familiaux, documents annexes (consentements, photos, arbres généalogiques…) et utilisez ces données pour faciliter les analyses.
Panel de gènes Créez vos panels de gènes, tenez-les à jour, partagez-les et utilisez ceux mis à disposition par la communauté.
Moteur de recherche global Accédez rapidement à n'importe quelle donnée, qu'il s'agisse d'un variant, d'un gène, d'un phénotype, d'un individu, d'un échantillon, d'un panel, d'une analyse, d'un rapport, d'un pipeline…
Administrez Supervisez en temps réel l'état du serveur et de la base de données.

Quelques points clés

PHRCI Grand Ouest

Regovar est un projet de recherche financé par les CHU du réseau HUGO. Il vise à développer un logiciel d'analyse de données de séquençage haut débit, depuis la récupération des fichiers produits par les séquenceurs, jusqu'à la génération de rapports, de comptes-rendus d'analyse en passant par les contrôles de qualité, la détection, l'annotation, le filtrage, la priorisation et la visualisation de variants.

Libre et open-source

Pas de contraintes contractuelles ni budgétaires. Regovar est un logiciel libre (sous license AGPLv3) et gratuit, tout comme les technologies sur lesquelles il se base.

Rejoignez les sept CHU impliqués dans ce projet collaboratif sans limites institutionnelles ou géographiques.

Panel, exome, génome

La base de données de Regovar a été conçue pour permettre le traitement efficace de grandes quantités de donnéee liées à l'analyse régulière de génomes. La souplesse des outils développés pour Regovar permet de manipuler ces données facilement, que l'on travaille sur des panels de gènes, des exomes ou des génomes complets.

Diagnostic et recherche

Regovar a été conçu pour une utilisation aussi bien en recherche qu'en diagnostic. Afin de répondre aux normes requises pour le diagnostic, Regovar garantit une tracabilité exhaustive des actions réalisées sur les données et de rejouer n'importe quelle analyse dans les conditions d'origine.

Pour les cas nécessitant une recherche plus approfondie, Regovar offre la possibilité de créer des filtres complexes et de tester en quelques clics d'autres pipelines mis à disposition.

Simple et moderne

L'interface ergonomique s'adresse à la fois aux cliniciens, aux biologistes et aux bioinformaticiens.

Moteur de recherche convivial

Recherchez à la fois parmi vos données locales, celles d'OMIM, de Human Phenotype Ontology, de PubMed… Accédez rapidement aux outils en ligne tel que Varsome.

Base de données

Sauvegardez vos données NGS et vos annotations dans une base de données locale et sécurisée.

Pipelines

Créez et ajoutez vos pipelines ou utilisez ceux déjà disponibles.

Partage

Partagez si vous le désirez vos pipelines et vos panels. Vous pourrez prochainement partager vos filtres ainsi que vos annotations et statistiques sur les variants.

Technologies fiables et modernes

Python, Qt, PostgreSQL, Docker, NGINX…

Performance

Filtrez vos variants en quelques secondes, accédez à vos donnnées aisément et rapidement.

Multi plateformes

L'application est compatible avec Windows, Linux et macOS.