L'analyse NGS libre et open source
Interface simple et moderne Un grand soin a été apporté pour que l'application soit simple et agréable à utiliser par tout les utilisateurs.
Filtrage dynamique des variants Utilisez à des filtres prédéfinis ou bien, pour des cas plus complexes, élaborez vos propres filtres.
Pipelines bioinformatiques Appliquer en quelques cliques sur vos données des traitements automatisés et personnalisés, que ce soit les votres ou ceux proposés par la communauté.
Phénotypes et maladies (OMIM, ORPHANET et DICIPHER) Fiche patient qui reprend à la fois les informations administratives de bases mais aussi le phénotype, l'historique des analyses réalisés, leurs résultats, les documents annexes (consentements, photos, etc).
Panel de genes Créer vos panels de gènes ou ceux des autres, tenez les à jours et partagez les avec la communauté.
Moteur de recherche global Accéder rapidement à n'importe quelle donnée, qu'il s'agisse d'un variant, d'un gène, d'un phénotype, d'un individu, d'un échantillon, d'un panel, d'une analyse, d'un rapport, d'un pipeline…
Administrez Supervisez en temps réel l'état du serveur et de la base de données.

Quelques points clés

PHRCI Grand Ouest

Regovar est un projet de recherche financé par les CHU du réseau HUGO. Il vise à développer un logiciel d'analyse de données de séquençage haut débit, depuis la récupération des fichiers produits par les séquenceurs, jusqu'à la génération de rapports, de comptes-rendus d'analyse en passant par les contrôles de qualité, la détection, l'annotation, le filtrage, la priorisation et la visualisation de variants.

Libre et open-source

Pas de contraintes contractuelles ni budgétaires. Regovar est un logiciel libre (sous license AGPLv3) et gratuit, tout comme les technologies sur lesquelles il se base.

Rejoignez les sept CHU impliqués dans ce projet collaboratif sans limites institutionnelles ou géographiques.

Panel, exome, génome

La base de donnée de Regovar a été conçu pour permettre le traitement efficace de l'importante quantité de donnée lié à l'analyse régulière de génomes. De plus, la souplesses des outils développés pour Regovar permettent de manipuler ces données facilement, que l'on soit en train de travailler sur des panels de gènes, des exomes ou des génomes complets.

Diagnostic et recherche

Regovar a été conçu pour une utilisation aussi bien en recherche qu'en diagnostic. Pour le diagnostic: la tracabilité exhaustives des actions réalisés sur les données, la possibilité d'utiliser des pipelines respectant les normes requises, ou de rejouer à n'importe quelle analyse dans les conditions d'origines, ...

Pour les cas nécessitant une recherche plus approfondie, Regovar offre la possibilité de créer des filtres complexes, de tester en quelques cliques d'autres pipelines, etc.

Simple et moderne

L'interface ergonomique s'adresse à la fois aux cliniciens, aux biologistes et aux bioinformaticiens.

Moteur de recherche convivial

Recherchez à la fois parmi vos données locales, celles d'OMIM, de Human Phenotype Ontology, de PubMed… Accèdez rapidement aux outils en lignes tel que Varsome.

Base de données

Sauvegardez vos données NGS et vos annotations dans une base de données locale et sécurisée.

Pipelines

Créez et ajoutez vos pipelines ou utilisez ceux déjà disponibles.

Partage

Partagez si vous le désirez vos pipelines et vos panels. Vous pourrez prochainement partager vos filtres de variant ainsi que vos annotations et statistiques sur les variants.

Technologies fiables et modernes

Python, Qt, PostgreSQL, Docker, NGINX…

Performance

Filtrez vos variants en quelques secondes, accédez à vos donnnées aisément et rapidement.

Multi plateformes

L'application est compatible avec Windows, Linux et macOS.